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怎么用graphpad 9绘制QPCR引物稀释扩增曲线

怎么用graphpad 9绘制QPCR引物稀释扩增曲线

的有关信息介绍如下:

怎么用graphpad 9绘制QPCR引物稀释扩增曲线

在之前的经验中给大家讲了怎么用QPCR去验证引物效率,但是如何获得适合发表的扩增曲线图片似乎成了另一个问题。直接从CFX manager导出的图片不仅色彩单调、布局欠佳,而且缺少相关重要参数特征……

首先获得QPCR扩增数据(在之前经验中已涉及如何设置实验)。利用BIO-RAD CFX manager软件打开数据结果,通过“EXPORT——export all data sheet——excel 2007”导出数据至指定目录下。此处建议导出为EXCEL格式,方便后续直接打开作进一步格式调整

进入文件目录,找到并打开数据表“quantification amplification results”,此表中即包含QPCR过程中每一个循环结束产生的荧光信号强度值。(注意:此时输出的数据结果是线性关系,作图前需要进行log转换)

打开graphpad 9,按照图示选择“group”创建绘图文件。复制EXCEL中数据,粘贴至graphpad 9中。

找到左侧graphs,单击数据标题“data1”,即可弹出绘图窗口,如图123设置各参数即可绘制出扩增曲线初稿

接下来对初稿进行优化,先将图片转换为彩色“change colors——colors”,然后调整一下绘图区大小“resize graph——to fill page”

双击纵坐标打开参数设置窗口,现在你可以观察到纵坐标的值是线性关系,这与我们QPCR的计算原理不符,所以我们要将纵坐标转换为对数值。在“left Y”子菜单下设置scale为“log2”,点击apply后可以看到扩增曲线发生了相应变化,但是存在较多噪声(X轴以上,红色实线以下区域)

降低/去除噪声。这里就相当于找“基线”,做法比较简单:改变Y轴与X轴相交的最小值,同时设置Y轴的最小值。在“frame and origin”子菜单下set origin修改为“custom”,然后在X intersect Y axis at Y 输入一数值。然后点击apply。此时可观察到X轴相对上移。再在“left Y”子菜单下先去掉“automatically determine the range and interval”前的对号,并在range下minimum右侧输入最小值,可以看到X轴下方部分消失

最后,对图片整体参数(字体大小、标题、坐标轴粗细等)再稍作调整,即可导出为适合发表的图片。建议同时保存一份工程文件以便下次直接修改。在这里留一个疑问:怎么缩小扩增曲线CQ值(拐点)左侧占比?