正确使用IGV和IGB找到给定位点的DNA序列

正确使用IGV和IGB找到给定位点的DNA序列

IGV(Integrated genome viewer)和IGB(Integrated genome browser)是比较常用的本地基因组浏览软件。但是它们使用了两种不同方法给序列编号，初次使用很容易被它们之间的编号错位所迷惑。

打开IGV，加载人参考基因组序列版本 hg19，定位到 chr1:2112413，碱基为T。

打开IBG，加载人参考基因组序列版本 hg19（即H_sapiens_Feb_2009），定位到 chr1:2112413，碱基为C。

问题描述

如步骤1和2中所示，问题出现了，同样的参考序列，同样的位点，为什么碱基不一样？恰好错开了一个位置。难道软件出错了吗？

问题解答

这是由于IGV和IGB使用了不同的编号规则，前者用的是one-base方法，后者用的是interbase方法。简单理解这两种方法的差别就是，当使用one-base方法时从1开始编号；而当使用interbase方法时从0开始编号。所以IGV中的2112413位点在IGB中应该为2112412位点。这样，碱基和编号就能对应了。