如何在RGAP中搜索水稻基因及其注释

如何在RGAP中搜索水稻基因及其注释

水稻基因组数据库rgap中包含了水稻相关数据库，有基因组数据库、CDS数据库等。这里主要介绍如何根据已知序列搜索，即blast出相应基因的loci号、基因结构、CDS序列等信息。

进入http://rice.plantbiology.msu.edu/analyses_search_blast.shtml

可以选择红色方框里的数据库，主要用前面两个：genomic sequence 和 CDS sequence。分别是基因组序列和CDS（mRNA）序列。这里选择基因组序列数据库。

在红色方框里粘贴FASTA格式的序列

点击“submit”提交

点击blast result 中的 accession下的 LOC号，即红色方框的内容

在以下页面中，即可下载序列（分别有CDS序列和genomic序列），还可以在 genome browser中查看该基因在基因组中染色体的位置等信息，还有基因结构的信息。该图中浅色部分是UTR，深色部分是CDS

用genome browser中查看该基因信息，点选track下的general中的DNA/GC content ,--->update image ,再放大图像即可看到以下结果。